Sob o ponto de vista de organização e do fortalecimento do sistema cooperativo de crédito brasileiro, o Sistema Sicoob tornou-se mais completo após a criação da Confederação Nacional das Cooperativas do Sicoob (Sicoob Brasil). A instituição tem personalidade jurí dica própria e foi constituí da pelas cooperativas centrais do sistema.
O Sicoob Brasil surgiu com a finalidade de prestar serviços de representação, supervisão, padronização de procedimentos operacionais, implantação de sistema de controle interno e de informações gerenciais, capacitação, coordenação do uso da marca Sicoob, apoio ao planejamento estratégico das cooperativas centrais de crédito, assessoria jurí dica e de gestão operacional do Fundo Garantidor do Sicoob (FGS).
A confederação atua junto às cooperativas centrais de crédito, no sentido de uniformizar os serviços prestados aos associados das cooperativas singulares e contribuir para a consolidação de padrão de qualidade homogêneo em todo o sistema. Têm por meta o cumprimento de sua missão que é: "contribuir para a consolidação do Sicoob como sistema cooperativo de crédito sólido, solidário e auto-sustentado, visando benefí cios financeiros e sociais aos cooperados e suas comunidades".
A representação das cooperativas do Sicoob é exercida também em parceria com os demais sistemas cooperativos, por intermédio da Organização das Cooperativas Brasileiras (OCB), na busca do aperfeiçoamento da regulamentação que disciplina o segmento. Em sintonia, os órgãos cooperativos ampliam o campo de atuação, fazendo esforço adicional em benefí cio de todos.