O Fundo Garantidor do Sicoob (FGS), outra grande conquista do Sistema Sicoob, foi implantando com o objetivo de garantir os depósitos à vista e a prazo dos associados de cooperativas singulares que, eventualmente, se apresentarem em situação de desequilíbrio patrimonial e econômico-financeiro.
A constituição de fundo garantidor para as cooperativas singulares do Sicoob decorreu do fato de o Fundo Garantidor de Crédito (FGC), fundo garantidor dos bancos, não oferecer cobertura aos depósitos de associados de cooperativas de crédito.
Para oferecer aos associados a garantia prestada pelo FGS, as singulares interessadas são submetidas a rigoroso processo de avaliação, instituído por regulamento próprio, de forma que o direito de cobertura de todas as cooperativas participantes possa ser assegurado. Atualmente, a regulamentação do FGS prevê a cobertura dos depósitos à vista e a prazo dos associados das cooperativas singulares participantes, até o valor de R$ 60 mil, identificados por CPF ou CNPJ.